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El el 16 de marzo de 1982,  en Buenos Aires-Argentina se inaugura el Instituto Bíblico de la Iglesia de Dios con un programa nocturno – externo, bajo la dirección del Rev. Osvaldo Pupillo y la Maestra Dra. Máxima Saavedra. Se matricularon 38 alumnos.

Bajo la denominación de Seminario Ministerial del Cono Sur, en el año de 1984 se abre la modalidad de internado y en diciembre de 1985 se celebra la primera graduación. Para Septiembre de 1986 el Rev. David Ramírez Sanz, asume la Dirección del Seminario; se realizaron varios avances para el Seminario, a partir de 1988 la Institución pasó a llamarse Seminario Ministerial Sudamericano (SEMISUD), se dio inicio al programa de Bachillerato en Teología que se cursaba en tres años de estudio. Dos años más tarde el Seminario ofrece a los estudiantes la formación ministerial en el grado de Licenciatura en Teología.

El Seminario Sudamericano se traslada a Quito, Ecuador en el año de 1993 para desde allí seguir funcionando con mayor efectividad para toda Sudamérica. En 1995 se traslada a sus propias instalaciones de Cashapamba, en el  Valle de los Chillos y se abre el Programa Intensivo de Educación Ministerial, PRIDEMI.

En Agosto de 1999 alcanza un grado más en el área académica, al establecerse el programa de Maestría de Artes en Estudios Teológicos, cuya primera promoción se incorporó en julio del 2000, en el año 2005 se cambia el nombre a Escolari in Sagrada Escritura.

En el año 2002, ante la necesidad de actualizar y preparar a los pastores de la Iglesia de Dios en Ecuador, se abre el programa de Teología Ministerial con la participación de 13 pastores, bajo la modalidad intensiva. En este mismo año se estableció la Dirección de Educación a Distancia bajo la nominación de ETED, como una alternativa para la formación bíblico- teológica y pastoral de los líderes de la iglesia evangélica ecuatoriana. A inicios del 2005 cambió de ETED a DED y se extendió a otros países como Colombia y Chile.

El libro Educación Teológica y Misión hacia el siglo XXI: Ensayos en honor a James M. Beaty, editado por David Ramírez fue la primera publicación que el Semisud realizó, hasta la presente fecha se han publicado seis títulos del área bíblica, teológica y pentecostal.

En Agosto del 2004, Compassion Internacional propone al Semisud la creación de una Maestría especializada para los ministerios que trabajan con los niños. El Semisud asume la propuesta y en septiembre del 2006 se inaugura el Programa bajo el Nombre “Maestría en Desarrollo Integral de la Niñez y Adolescencia DINA.

En el año 2005, Overseas Council, hace una importante donación a la Biblioteca del Semisud, en respuesta a la apremiante necesidad de implementar un sistema automatizado, equipamiento y actualización de sus colecciones, ofreciendo con esto un servicio de excelencia a sus usuarios.

En el marco de la XXVII graduación del SEMISUD realizada en julio de 2005, el Seminario Sudamericano recibió la certificación del cuarto nivel académico, máximo grado de calificación que la Dirección de Educación de la Iglesia de Dios Misiones Mundiales, confiere a sus instituciones educativas. 

En el año 2006, el Consejo Iberoamericano en Honor a la Calidad Educativa, declaró al Seminario Sudamericano, apto para recibir el Galardón Máximo de la Educación, “Premio en Honor a la Excelencia Educativa” y solicitó además que el Seminario pase a formar parte del Consejo como Miembros de Honor e Ilustres Educadores Iberoamericanos. La ceremonia de entrega se llevó a cabo en el mes de septiembre.

Con el propósito de preparar misioneros transculturales con énfasis en los pueblos no alcanzados, el Semisud abre las puertas a un nuevo programa denominado “Estudios Transculturales”, dirigido a siervas y siervos latinoamericanos con llamamiento misionero y con estudios de bachillerato en teología.

Después de 20 años de reconocida entrega a la labor educativa el Dr, David Ramírez deja su cargo como Presidente del Semisud para servir como Obispo de la Iglesia de Dios Hispana en California y Arizona; Las autoridades de la Iglesia de Dios nombran como Presidente del Seminario Sudamericano al Dr. David Munguía, en la ceremonia de transferencia de rectorado realizada el 21 de agosto de 2006.

En Agosto del año 2007, se implementa el Bachillerato en Ministerio, dirigido a Pastores de distintas denominaciones, que no tienen estudios teológicos, siendo sus primeros alumnos 40 pastores del CPQ (Cuerpo de Pastores de Quito), en la modalidad semipresencial.

En junio de 2010, el Dr. Miguel Alvarez, es nombrado Presidente del Semisud, quien asume estas funciones a partir de septiembre de 2010. En el mes de octubre se inauguró la primera etapa del Museo de la Biblia durante el PRIDEMI, desde entonces, el Museo recibe a sus visitantes en horario continuo y por solicitud previa.

En el año 2011, el programa de estudios de posgrado toma una nueva dimensión, se diversifican las Maestrías en cuatro especialidades: Biblia-Nuevo Testamento, DINA, Eclesiología contextual e Intervención en Matrimonios y Familia. En junio de este año se realiza la graduación más numerosa, con 125 graduados que recibieron su título en los distintos programas que el Seminario ofrece en  las modalidades: presencial, semipresencial y a Distancia.

El 25 de agosto de 2012, asume como Presidente del Semisud, el Dr. Francisco Jiménez. En este año se extiende a otros países el programa de Maestría: Escolari in Sagrada Escritura, y se firma el convenio con la Universidad Libre de Amsterdam para ofrecer un Programa de Doctorado, siendo esta una buena oportunidad para que varios de nuestros profesores accedan a este nivel de estudios.

El Mtr. Jimmy Zambrano asume la Decanía Académica del Semisud, liderando desde una solo instancia todos los programas y modalidades.

En el 2013, el Mtr. Abiud Fonseca es nombrado Decano Académico. Se elaboró e implementó el plan de homologación interinstitucional como parte del plan estratégico de establecer conexiones estratégicas con ALEAL,  agencia acreditadora de programas.

En el año 2014, Un equipo conformado por los profesores José Verdi, Santa González, Abiud Fonseca, Amparito Núñez y los estudiantes Jonán Monroy y Omar Carmona emprenden un proyecto de investigación, producto de lo cual se publica el libro “Palabra, Historia y Libertad” con el propósito de presentar de forma clara este camino liberador, además de promocionar el Museo de la Biblia a propósito de la celebración del mes de la Biblia.

En el año 2016 se dio apertura a los programas de educación continua a nivel de certificado y capellanía clínica. Se hicieron las adecuaciones pertinentes para trasladar la biblioteca que funcionaba en la segunda planta del auditorio hacia la  primera planta del edificio Ramírez, asignándole un nuevo nombre “Centro de Recursos Académicos Keith & Debbie Ivester”, honrando así, al auspiciante de este cambio que ha traído grandes beneficios al quehacer académico desde un lugar más propicio para ello.

En el 2017 se estableció un convenio con el Hospital Vozandes para dos grupos de estudiantes a nivel certificado en Capellanía Clínica, así como también el convenio con SATS para la apertura de un programa PhD en teología, se firmó un convenio con la UTC para la acreditación del programa de licenciatura en teología pastoral en todas las modalidades. Se dio también el convenio con USAMEH, División de educación hispana de la Iglesia de Dios que brinda educación continua en línea para el entrenamiento de la pastoral. En este año se da la primera promoción de graduados con un bachillerato en Plantación de Iglesias.

El 2 de febrero de 2018 se graduó a la primera promoción en Capellanía Hospitalaria, así como también del programa de educación continua con un diplomado en pastoral urbana. En agosto de este año se anunció el cambio de presidente del Semisud, nombrando al Dr. Víctor J. Cruz, como el nuevo presidente de esta institución.