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El 16 de marzo de 1982, en Buenos Aires-Argentina se inaugura el Instituto Bíblico de la Iglesia de Dios con un programa nocturno – externo, bajo la dirección del Rev. Osvaldo Pupillo y la Maestra Dra. Máxima Saavedra. Se matricularon 38 alumnos.

Bajo la denominación de Seminario Ministerial del Cono Sur, en el año de 1984 se abre la modalidad de internado y en diciembre de 1985 se celebra la primera graduación. Para Septiembre de 1986, el Rev. David Ramírez Sanz, asume la Dirección del Seminario y se realizaron varios avances para el Seminario. A partir de 1988, la Institución pasó a llamarse Seminario Ministerial Sudamericano (SEMISUD) y se dio inicio al programa de Bachillerato en Teología que se cursaba en tres años de estudio. Dos años más tarde el Seminario ofrece a los estudiantes la formación ministerial en el grado de Licenciatura en Teología.

El Seminario Ministerial Sudamericano se traslada a Quito, Ecuador en el año de 1993 para desde allí seguir funcionando con mayor efectividad para toda Sudamérica. El Dr. Ramírez quien era el Presidente del seminario se traslada a Ecuador junto al Rvdo. Tito Armando Apestegui quien servía junto a él como Vicepresidente en aquel entonces. En este año se une al equipo el Dr. Yattenciy Bonilla quien posteriormente asume la Decania Académica y luego la Vicepresidencia del seminario.  En 1995 el seminario se traslada a sus actuales instalaciones en Cashapamba, en el  Valle de los Chillos y se abre el Programa Intensivo de Educación Ministerial, PRIDEMI.

En Agosto de 1999, SEMISUD alcanza un grado más en el área académica, al establecerse el programa de Maestría de Artes en Estudios Teológicos, cuya primera promoción se incorporó en julio del 2000. En el año 2005 se cambia el nombre del programa a Maestria Escolari in Sagrada Escritura.

En el año 2002, ante la necesidad de actualizar y preparar a los pastores de la Iglesia de Dios en Ecuador, se abre el programa de Teología Ministerial con la participación de 13 pastores, bajo la modalidad intensiva. En este mismo año se estableció la Dirección de Educación a Distancia bajo la nominación de ETED, como una alternativa para la formación bíblico- teológica y pastoral de los líderes de la iglesia evangélica ecuatoriana. A inicios del 2005 cambió de ETED a DED y se extendió a otros países como Colombia y Chile.

El libro Educación Teológica y Misión hacia el siglo XXI: Ensayos en honor a James M. Beaty, editado por David Ramírez fue la primera publicación que el Semisud realizó, y hasta la presente fecha se han publicado varios títulos del área bíblica, teológica y pentecostal.

En el 2003 el Dr. Yattenciy Bonilla, Decano Académico del SEMISUD para ese tiempo,  publica su primer libro Hacia una Ética de la Vida y posteriormente Descubriendo el misterio del Texto Bíblico, títulos que hoy son utilizados como textos primarios en diferentes seminarios en las áreas de la ética Cristiana y los estudios bíblicos. Otras publicaciones significativas del Dr. Bonilla incluyen, Cristo y el Cristianismo Dos Grandes Enemigos, Nuevas Formas de Poder, La Miseria de la Existencia Humana con la editorial Verbo Divino y varias novelas que publico con otras casas editoras como Cazadores de Creencias.

En agosto del 2004, bajo la iniciativa del Dr. Yattenciy Bonilla junto al Pastor Cesar Parra y el Pastor Enrique Pinedo quienes servían como directivos de Compasión Internacional en la región de Ecuador y Latinoamérica respectivamente se crea una Maestría especializada para los ministerios que trabajan con los niños. El SEMISUD asume la propuesta y en septiembre del 2006 se inaugura el Programa bajo el Nombre “Maestría en Desarrollo Integral de la Niñez y Adolescencia (DINA). Posteriormente este programa de maestría pasa a recibir la cobertura de la Universidad Lee junto a la concentración de Estudios Bíblicos y Teológicos.

En el año 2005, Overseas Council, hace una importante donación a la Biblioteca del SEMISUD, en respuesta a la apremiante necesidad de implementar un sistema automatizado, equipamiento y actualización de sus colecciones, ofreciendo con esto un servicio de excelencia a sus usuarios.

En el marco de la XXVII graduación del SEMISUD realizada en julio de 2005, el Seminario Sudamericano recibió la Certificación del Cuarto nivel académico, máximo grado de calificación que la Dirección de Educación de la Iglesia de Dios y Misiones Mundiales, confiere a sus instituciones educativas. 

En el año 2006, el Consejo Iberoamericano en Honor a la Calidad Educativa, declaró al Seminario Ministerial Sudamericano, apto para recibir el Galardón Máximo de la Educación, “Premio en Honor a la Excelencia Educativa” y solicitó además que el Seminario pasara a formar parte del Consejo como Miembros de Honor e Ilustres Educadores Iberoamericanos.

Con el propósito de preparar misioneros transculturales con énfasis en los pueblos no alcanzados, el SEMISUD abre también las puertas a un nuevo programa denominado “Estudios Transculturales”, dirigido a siervas y siervos latinoamericanos con llamamiento misionero y con estudios de bachillerato en teología.

Después de 20 años de reconocida entrega a la labor educativa el Dr, David Ramírez deja su cargo como Presidente del Semisud para servir como Obispo de la Iglesia de Dios Hispana en California y Arizona; Las autoridades de la Iglesia de Dios nombran como Presidente del Seminario Sudamericano al Dr. David Munguía, en la ceremonia de transferencia de rectorado realizada el 21 de agosto de 2006.

En Agosto del año 2007, se implementa el Bachillerato en Ministerio, dirigido a Pastores de distintas denominaciones, que no tienen estudios teológicos, siendo sus primeros alumnos 40 pastores del CPQ (Cuerpo de Pastores de Quito), en la modalidad semipresencial.

En junio de 2010, el Dr. Miguel Álvarez, es nombrado Presidente del SEMISUD, asumiendo estas funciones a partir de septiembre de 2010. En el mes de octubre de este mismo año se inauguró la primera etapa del Museo de la Biblia, una iniciativa del Dr. Yattenciy Bonilla desarrollada con la colaboración de la Ingeniera Amparito Nuñez y Christian Canelos, desde entonces, el Museo recibe a sus visitantes en horario continuo y por solicitud previa.

En el año 2011, el programa de estudios de posgrado toma una nueva dimensión, se diversifican las Maestrías en cuatro especialidades: Biblia-Nuevo Testamento, DINA, Eclesiología contextual e Intervención en Matrimonios y Familia. En junio de este año se realiza la graduación más numerosa, con 125 graduados que recibieron su título en los distintos programas que el Seminario ofrece en  las modalidades: presencial, semipresencial y a Distancia.

El 25 de agosto de 2012, asume como Presidente del Semisud, el Dr. Francisco Jiménez. En este año se extiende a otros países el programa de Maestría: Escolari in Sagrada Escritura, y se firma el convenio con la Universidad Libre de Amsterdam para ofrecer un Programa de Doctorado.

En el 2013, el Mtr. Abiud Fonseca es nombrado Decano Académico. Se elaboró e implementó el plan de homologación interinstitucional como parte del plan estratégico de establecer conexiones estratégicas con ALEAL.

En el año 2014, Un equipo conformado por los profesores José Verdi, Santa González, Abiud Fonseca, Amparito Núñez y los estudiantes Jonán Monroy y Omar Carmona emprenden un proyecto de investigación, producto de lo cual se publica el libro “Palabra, Historia y Libertad” con el propósito de presentar de forma clara este camino liberador, además de promocionar el Museo de la Biblia a propósito de la celebración del mes de la Biblia.

En el año 2016 se dio apertura a los programas de educación continua a nivel de certificado y capellanía clínica. Se hicieron las adecuaciones pertinentes para trasladar la biblioteca que funcionaba en la segunda planta del auditorio hacia la  primera planta del edificio Ramírez, asignándole un nuevo nombre “Centro de Recursos Académicos Keith & Debbie Ivester”, honrando así, al auspiciante de este cambio que ha traído grandes beneficios al quehacer académico desde un lugar más propicio para ello.

En el año 2017, por iniciativa y gestión del Dr. Yattenciy Bonilla en acuerdo con el Dr. Francisco Ortiz, se firma un convenio histórico con la Universidad Teológica del Caribe en Puerto Rico para brindar cobertura al programa de licenciatura en teología pastoral. El Dr. Yattenciy Bonilla con el firme propósito de lograr la cobertura de acreditación para la licenciatura, gestiona la venida a Ecuador de la Dra. Jenniffer Contreras para servir como consultora del proceso y redactar la propuesta que sería sometida a la Association for Biblical Higher Education, ABHE. En el mes de noviembre del 2017 se logra formalmente la aprobación de la propuesta sometida a la ABHE a través de la UTC. Esta cobertura de la UTC permitió que los estudiantes puedan recibir un título de licenciatura acreditado internacionalmente.

En ese mismo año se estableció un convenio con el Hospital Vozandes para ofrecer un certificado en Capellanía Clínica, al igual que un convenio con SATS para la apertura de un programa PhD en teología.

En noviembre de 2017 la Dra. Contreras es nombrada Decana de Asuntos Académicos, facilitando la implementación operativa del ahora acreditado programa de licenciatura.

En agosto de 2018 el Dr. Víctor J. Cruz es nombrado Presidente del SEMISUD. Bajo la presidencia y por la gestión del Dr. Cruz se han realizado mejorías significativas al campus en favor de las operaciones académicas y la vida estudiantil. El actual Presidente, Dr. Cruz ha logrado consolidar una red de colaboradores que apoyan a SEMISUD. Su visión ha sido mantener al seminario innovando en sus ofrecimientos y servicios para la gloria de Dios. Bajo su Presidencia se han estado llevando adelante iniciativas para que SEMISUD tenga presencia en todos los países de Sur América y que incluso se puedan ofrecer cursos de manera sincrónica y asincrónica con la tecnología correspondiente. 

En el año 2020 el mundo fue impactado por la pandemia del COVID-19, obligando al seminario a funcionar de manera remota desde el mes de marzo de ese año. En este tiempo se destaca el aporte del Dr. Yattenciy Bonilla, cuyos cursos a distancia oscilaron entre los 100 a los 800 estudiantes, trayendo como resultado nuevos estudiantes de todas partes del mundo y una inyección de recurso económico significativa en un tiempo de crisis mundial. El desafío económico y operativo ha permanecido latente pero bajo el liderazgo del Dr. Cruz, y el Directorio y con el aporte significativo de la facultad se ha salido adelante.  La fidelidad de Dios ha brillado y Su mano nos ha sostenido.